Plot Samurai Deeper Kyo

Bertempat pada tempoh Tokugawa Jepun, manga ini bermula dengan mengikuti Shiina Yuya, seorang pemburu upahan yang mencari pembunuh saudaranya. Walau bagaimanapun, Yuya dengan cepat bertemu penjual perubatan bernama Mibu Kyoshiro, yang ternyata berkongsi badan dengan samurai Demon Eyes Kyo yang ditakuti. Lama kelamaan, Mibu Kyoshiro dan, sedikit sebanyak, Shiina Yuya menghilang dari cerita semasa Demon Eyes Kyo tampil ke hadapan. Kyo hanya menyatakan hasratnya untuk mendapatkan semula tubuhnya sendiri. Mengikuti laluan ini mendorong Kyo, Yuya dan pelbagai pengembara lain dalam percanggahan dengan kedua-dua Tokugawa shogunate dan suku Mibu, bangsa manusia super yang ganas yang telah menguruskan Jepun dari belakang selama beribu tahun.

Dasar kisah utama pencarian Kyo untuk menuntut semula tubuhnya, terdapat banyak cabang yang lebih kecil, masing-masing menuju ke arah yang berikutnya. Asas banyak pendedahan kemudiannya ditetapkan oleh banyak jilid sebelumnya. Di dalam manga, semua Mibu, kecuali Kyo, adalah keturunan "Patung Pertempuran", makhluk-makhluk yang dicipta oleh Mibu untuk bertarung sebagai hiburan mereka. Pada masa yang sama, Patung Pertempuran percaya bahawa mereka adalah Mibu sebenar, dan Mibu sebenar akhirnya pupus akibat pertempuran. Patung Pertempuran Mibu secara beransur-ansur dibunuh oleh "Penyakit Kematian". Kakak Muramasa adalah yang pertama dibunuh oleh penyakit itu, tetapi yang lain kemudian mengikuti. Penyakit ini berlaku apabila orang yang dijangkiti mencapai usia tertentu. Atas sebab ini, proses penuaan telah dihentikan di Antera, Tokito, dan mungkin yang lain.

Demon Eyes Kyo akhirnya mengalahkan bapa dan pencipta Mibu, Bekas Raja Crimson, yang juga merupakan Patung Pertempuran yang pertama. Pada asalnya seorang penguasa yang sangat dikasihi dan benar-benar baik, Raja menjadi korup akibat hilangnya semua keyakinan terhadap kemanusiaan, dan menjadi penguasa yang gila untuk menghancurkan semua manusia sepenuhnya. Kyo kemudian hilang semasa bertempur selepas pertempuran terakhir, yang meletupkan ibu kota Mibu. Kyo muncul pada akhir bab kedua yang dipanggil oleh pedangnya tenro. Dalam bab bonus yang tidak mengandungi dialog menunjukkan Kyo dan Yuya tinggal di rumah bersama-sama.

Episod

No.	Title	Siaran asal	Siaran Inggeris
1	"ARUMAGEDON no Yukue" (アルマゲドンの行方)	1 Julai 2002	31 Julai 2006
2	"Shoukinkubi (DEDDO OA ARAIBU) no Otoko" (賞金首（デッドオアアライブ）の男)	8 Julai 2002	1 Ogos 2006
3	"Akaki MIRAAJYU" (紅きミラージュ)	15 Julai 2002	2 Ogos 2006
4	"Shinobiyoru NAITOMEA" (忍び寄るナイトメア)	22 Julai 2002	3 Ogos 2006
5	"ASASHIN no Namida" (アサシンの涙)	29 Julai 2002	4 Ogos 2006
6	"HIBIYA BEI no Kettou" (ヒビヤ・ベイの決闘)	5 Ogos 2002	Tidak disiarkan
7	"Keichou BATORU ROIYARU" (慶長バトルロイヤル)	12 Ogos 2002	Tidak disiarkan
8	"DEMON SUPIA Naku" (デモンスピア哭く)	August 19, 2002	Tidak disiarkan
9	"Hohoemi no BURANDO" (微笑のブラインド)	August 26, 2002	Tidak disiarkan
10	"Reiketsu no IRYUUJYON" (冷血のイリュージョン)	September 2, 2002	August 12, 2006
11	"Shikkoku no FURASSHUBAKKU" (漆黒のフラッシュバック)	September 9, 2002	August 13, 2006
12	"DIIPU FORESUTO kara Kita Shounen" (ディープ・フォレストから来た少年)	September 16, 2002	August 14, 2006
13	"KUROSUsuru Tamashii tachi" (クロスする魂たち)	September 22, 2002	August 15, 2006
14	"SATAN Futatabi" (サタン再び)	September 30, 2002	August 16, 2006
15	"Waga Tomo REDDO TAIGAA" (我が友レッド＜紅虎＞タイガー)	October 7, 2002	August 17, 2006
16	"Kanpekinaru BIKUTORII" (完璧なるビクトリー)	October 14, 2002	August 18, 2006
17	"Shoujotachi no SHIIKURETTO TOOKU" (少女たちのシークレットトーク)	October 21, 2002	September 16, 2006
18	"NAASU na Akuma ♥" (ナースな悪魔 ♥)	28 Oktober 2002	17 September 2006
19	"SANDAABORUTO Zangeki" (サンダーボルト斬撃)	4 November 2002	18 September 2006
20	"ABUSORYUUTO ZERO no kanata e" (アブソリュートゼロの彼方へ)	11 November 2002	9 September 2006
21	"Jigoku no MIBU KYASSURU" (地獄のミブ・キャッスル)	18 November 2002	20 September 2006
22	"Kikaijikake no DOORUZU" (機械仕掛けのドールズ)	25 November 2002	21 September 2006
23	"Shakunetsu no EKUSUTASHII" (灼熱のエクスタシー)	2 Disember 2002	22 September 2006
24	"RASUTO MURAMASA Kakusei" (ラストムラマサ覚醒)	9 Disember 2002	23 September 2006
25	"TAKION o Koeru Mono" (タキオンを超える者)	16 Disember 2002	24 September 2006
26	"SAMURAI wa BARAADO o Utau" (SAMURAIはバラードをうたう)	23 Disember 2002	25 Disember 2006

Muzik

Tema Pembukaan:

"Aoi no Requiem (Requiem Biru)" oleh Pipeline Project menampilkan Yuiko Tsubokura

Tema Penutup:

"Love Deeper" oleh Pipeline Project menampilkan Yuiko Tsubokura

Lagu Watak (dari Album Vokal Kyousouka, Samurai Deeper Kyo ):

"Arboreus Mare" oleh DRY
"PAX VOBISCUM -Negawaku wa Heian Najira to Tomo ni-" oleh Hikaru Midorikawa (Migeira)
"Hanadoki" by Megumi Ogata (Yukimura Sanada)
"Kisugi Kanyou no Koto" oleh Toshihiko Seki (Benitora)
"Aosusuki" oleh Yui Horie (Yuya Shina)
"Kohikoro mo" oleh Yumi Kakazu (Okuni Izumono)
"Koran" oleh Katsuyuki Konishi (Onime no Kyo)
"Ashikabi" oleh Souichirou Hoshi (Akira)
"Zessou" oleh Tomokazu Seki (Shinrei)
"Youryuu Risui" oleh Megumi Ogata (Yukimura Sanada)
"Dokumyoufuu" oleh Takehito Koyasu (Hotaru)
"Kinen" oleh Katsuyuki Konishi (Kyoshiro Mibu)